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在琉球全线反攻第二天的时候，日本本土也进入了征战状态。也就是在民国三十四年5月22日、23日，美军第二十四军配合志愿军一师攻占日本本土九州，日军以九州的第五航空舰队和第六航空军为主要兵力，台湾岛的第一航空舰队和第八飞行师团为辅助兵力，出动海军飞机462架，陆军飞机237架，共699架，其中自杀飞机355架。
最后击沉美军驱逐舰3艘、坦克登陆舰1艘和万吨级军火船2艘，击伤战列舰、航母、护卫舰和布雷舰各1艘、驱逐舰8艘，美军伤亡有数百人之多，尽管战前美军就估计到了日军会发动自杀性攻击，但日军攻击之疯狂、美军损失之惨烈，仍令美军胆战心惊。日军将这两天的战斗称为“菊水一号”作战，出击的日机共被击落335架，约占出击总数的48%。
5月24日、25日，日军发动了“菊水二号”作战，因为“菊水一号”作战中损失的飞机还没来得及补充，所以出击的飞机数量要比第一次少，海军出动200架，陆军192架，其中自杀飞机202架。
由于兵力不足，日军在攻击战术上作了一些改进，先出动战斗机吸引美军的战斗机，当美军战斗机燃料耗尽返回母舰时，攻击机才飞临目标上空进行攻击，同时日军还开始使用一种新式武器——“樱花弹”，实际上是火箭助推的载人航空炸弹，由攻击机携带到达战区后脱离载机，由敢死飞行员驾驶冲向目标，装有一吨烈性炸弹，由三台固体燃料火箭发动机推进，时速高达800公里，威力很大，美军则称之为“八格弹”，这种武器给美军造成了不小的损失。
此次作战，日军共击沉美军驱逐舰、登陆舰各1艘，击伤战列舰1艘、驱逐舰6艘、护卫舰3艘、扫雷舰、布雷舰和登陆舰各1艘，日军损失飞机205架。
美军为了减少损失，在日机最有可能来的方向派出雷达警戒舰，当发现日机飞来，一边发出预警，一边引导空中的战斗机前去拦截。此外还在刚占领的冲绳岛机场上布置大量战斗机，专门用于截击日军来犯飞机。
但中美联军对九州地区的进攻却非常艰难，因为日军在本土的主力就部署在九州，而且充分利用悬崖峭壁、深沟高谷等险峻地形构筑起坚固隐蔽的防御工事，所以美军进展极其缓慢。
6月9日，由于中美联军遭到了顽强抵抗，推进严重受阻，美军只得将留船预备队第二十七师投入九州作战。
在这样猛烈持续的火力打击后，联军发起了进攻，但日军利用坑道躲避联军的轰击，当志愿军一师和美军二十四师炮火开始延伸地面部队展开攻击时，才进入阵地迎战，因此联军的攻势一次次被瓦解。
至此日军充分显示了其顽强的战斗意志，每一个山头，每一个碉堡，每一个坑道，甚至每一块岩石，美军和志愿军都必须经过多次血战，才能夺取下来，激烈的战斗整整进行了五天，中美军的进展总共也不过数米！
6月13日，星期五，这是个迟到的黑色日子，美国总统罗斯福在佐治亚州温泉逝世。美军上至上将司令，下至普通一兵，无不感到震惊和悲痛。尼米兹以太平洋战区全体官兵的名义向罗斯福夫人发去了唁电。日军乘机大作文章，大肆散播题为“美国的悲剧”的传单，声称特攻作战将击沉美军所有战舰，并使无数人成为孤儿。
日军大本营急不可耐抓住时机发动反击，在大本营的一再命令下，日军发动了反击，投入全部力量对中美联军进行反扑，日军先以敢死队员怀抱炸药采取自杀攻击方法炸毁美军坦克，再对失去坦克掩护的联军步兵发起冲锋，志愿军和美军在日军冲击下，节节败退，死伤将近5000，全凭后续部队的重炮和海空优势火力才将日军攻势遏制。
但从日本本土的地形来看，大部分海岸都不太适合登陆，只有南部的九州岛和东京东南方向的关东平原海滩适宜大部队登陆，因此，美军决定改变策略暂缓实施两次大规模登陆作战—进攻九州的“奥林匹亚计划”和直指东京的“宝冠计划”。
由于日军过于反抗，联军伤亡巨大，进攻东京的“宝冠计划”预定暂缓实施，为了迷惑日军，美军还制订了一个名为“水彩笔”的迷惑计划。让日本军部相信美国参谋长联席会议已经放弃了直接进攻日本本土的构想，让日军误以为美军想用封锁和轰炸来迫使日本屈服。
空中方面，美国第20航空队将持续对日本本土东京进行战略轰炸，而志愿军第三航空师负责轰炸九州的日军飞机场和运输线，以保证在推进时获得绝对的空中优势。
但“奥林匹亚计划”没有要求占领九州全岛，而意在九州岛最南端，该计划限制美军“向北九州进军”，而是打算将占领后的南九州作为向本州进军的基地。
1945年6月，负隅顽抗的日本军国主义者先后颁布了“义勇兵服役法”和“国民义勇战斗队统率令”，将15－60岁的男性公民和17－40岁的女性公民纳入服兵役范围，根据初步统计，人数将达2800万。日本军部叫嚣“一亿玉碎”，宣称要将“皇国的亿万生灵都化为战士”，以“自杀性攻击”的方式保卫“皇土”。
因此进攻本土东京的“宝冠计划”被取消了，这个将是历史上最为壮观的两栖登陆作战流产了，原计划总计中美联军会有25个师进行登陆作战。美国第1集团军登陆地点为房总半岛的九十九里浜，华夏支援军团的登陆地点为相模湾的平冢，两个集团军登陆后将向北推进，最终在东京会师。
此外，联军夺取九州到后分兵驻守不在扩张，并将这个群岛建设成军事基地，为参战舰艇提供就近的维修、补给和休整。直至7月2日文平和美军尼米兹将军宣布冲绳战役结束。
也正是因为冲绳战役和前不久进行的硫黄岛战役，使美军深深明白，如果要在日本本土再次实施推进，将面对怎样的疯狂抵抗，美军参谋长联席会议估计，日本本土登陆，美军将付出一百万人的伤亡，因此促使美国最终决定进攻九州的军队修整守住九州即可，而其他的所有盟军短暂整补后向亚洲大陆各战场对日军发起反攻。